พระธาตุอินทร์แขวนอนุญาตให้เฉพาะผู้ชายเข้าไปสักการะปิดทองถึงองค์พระธาตุด้านในได้
ตามตำนานเล่าว่า ในสมัยพุทธกาลว่า ฤๅษีติสสะเป็นผู้หนึ่งที่ได้รับพระเกศาจากพระพุทธเจ้าที่ได้ทรงมอบให้ไว้เป็นตัวแทนของพระ พุทธองค์ให้ประชาชนสักการะ
เมื่อครั้นได้มาแสดงธรรมเทศนา ณ ดินแดนสุวรรณภูมิ ผู้ที่ได้รับมอบพระเกศาต่างก็นำไปบรรจุในสถูปเจดีย์ ส่วนฤๅษีติสสะกลับนำไปซ่อนไว้ในมวยผม
เมื่อเวลาล่วงเลยถึงคราวที่ฤๅษีติสสะจะต้องละสังขารเต็มที เขาตั้งใจไว้ว่าจะนำพระเกศาไปบรรจุไว้ในก้อนหินที่มีรูปร่างคล้ายกับศีรษะ ของเขา ท้าวสักกเทวราช (พระอินทร์)
จึงช่วยเสาะหาก้อนหินดังกล่าวจากใต้ท้องมหาสมุทรและนำมาวางหรือแขวนไว้บน ภูเขาหิน
บางตำนานก็เล่าว่า มีฤๅษีองค์หนึ่งซ่อนพระเกศาที่ได้รับมาจากพระพุทธเจ้าเมื่อครั้นมาโปรดสัตว์ ในถ้ำไว้ในมวยผมมาเป็นเวลานาน เมื่อใกล้ถึงวาระที่จะต้องละสังขาร
จึงตัดสินใจมอบพระเกศาให้กับพระเจ้าติสสะ กษัตริย์ผู้ครองนครแห่งหนึ่ง ซึ่งเป็นบุตรของลูกศิษย์ที่นำมาฝากให้ฤๅษีช่วยเลี้ยงดูตั้งแต่เล็ก แต่ก่อนอื่นพระเจ้าติสสะ
ต้องหาก้อนหินที่มีลักษณะคล้ายศีรษะของฤๅษี โดยมีพระอินทร์เป็นผู้ช่วยค้นหาจากใต้สมุทรนำมาวางไว้ที่หน้าผา