ในสมัยพระพุทธเจ้าเสือ เกิดอสุนีบาตต้องยอดพระมณฑป เกิดไฟไหม้พังลงมาต้องพระศอของพระมงคล บพิตรหัก พระองค์จึงโปรดเกล้า ฯ ให้รื้อเครื่องบนออกแล้วสร้างใหม่เป็นพระวิหาร แต่คงทำเครื่องยอดอย่าง มณฑปของเดิม ต่อมาในสมัยพระเจ้าบรมโกศ ได้โปรดเกล้า ฯ ให้เจ้าฟ้าธรรมาธิเบศน์เป็นแม่กองบูรณปฏิสังขรณ์ และได้รื้อยอดมณฑปเดิมเปลี่ยนเป็นพระวิหาร วิหารพระมงคลบพิตรถูกไฟเผาผลาญ ครั้งเสียกรุงศรีอยุธยา เมื่อปี พ.ศ. 2310 จนเครื่องบนของพระวิหารพังลงมา ถูกพระเมาฬีและพระกรขวาขององค์พระชำรุด พระยาโบราณราชธานินทรเมื่อครั้งดำรงตำแหน่งสมุหเทศาภิบาลมณฑลอยุธยา ได้บูรณะซ่อมแซมให้คืนดี สำหรับพระวิหารที่ชำรุดหักพังเกือบจะโดยสิ้นเชิงนั้น ได้บูรณะขึ้นใหม่อย่างที่เป็นอยู่ปัจจุบันเมื่อปี พ.ศ. 2499 โดย นายอูนุ นายกรัฐมนตรีสหภาพพม่าในขณะนั้น ได้บริจาคเงินจำนวนสองแสนบาท ร่วมกับฝ่ายรัฐบาลไทยอีกสองแสนห้าหมื่นบาท